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Programmes de Mentorat
Biodiversity - Bioresources

Vous vous posez des questions sur la science et en particulier en biologie?

  • Quels sont les métiers de la recherche dans les laboratoires et en dehors?

  • Quelles sont les formations pour accéder à ces métiers?

  • Comment travaille –t on dans les laboratoires?

  • Comment conduit-on des expériences scientifiques?

  • Comment communique t-on les résultats scientifiques

Vous souhaitez :

  • Bénéficier d’un accompagnement pour répondre à ces questions (et d’autres)

  • Discuter de votre orientation et projet professionnels

  • Découvrir les métiers et le fonctionnement des laboratoires de l’intérieur

Mentors

  • Guident les étudiants et étudiantes dans leurs orientations scientifiques, sur les compétences à acquérir selon le projet carrière,

  • Guident les étudiants dans leurs projets de master

  • Fournissent des informations sur le fonctionnement du laboratoire, des institutions, sur les développements de la carrière dans le domaine scientifique,

  • Invitent les étudiants à suivre des expérimentations en cours, à participer aux réunions d’équipes et à rencontrer les personnels des laboratoires (particulièrement les doctorants du laboratoire),

  • Rendent leurs activités plus visibles

Etudiantes et étudiants

  • Prennent régulièrement rendez-vous avec leur mentor,

  • Préparent ces réunions en ayant défini des questions d’intérêt sur les orientations scientifiques souhaitées, sur le développement des carrières scientifiques, sur les débouchés ; sur le fonctionnement des institutions,…

  • Participent aux réunions d’équipes quand ils sont invités.

Les différentes étapes :

  1. Identifier un ou une mentor selon la thématique qui vous intéresse (https://graduate-plus.fr/biodiversite-bioressources/)

  2. Envoyer un mail à emmanuel.desouhant[at]univ-lyon1.fr pour s’inscrire au plus tard le 12 décembre 2024

  3. Constitution des groupes (2 ou 3 étudiants/mentor) fin décembre 2024

Le mentorat : Quand?  Comment? Qui?

  • Second semestre (janv-juin 2025)

  • 4 à 5 rendez-vous/discussion + possibilité de participer à réunions d’équipes,  de suivre des expériences

  • Mentors : chercheurs, enseignant-charcheur ; post-doctorant ; doctorants, ingénieurs, techniciens

Evaluation : pas d’évaluation ! Juste un retour d’expérience pour que chacun tire le maximum de bénéfice de cette initiative.

Les Mentors

Actuellement en post-doctorat, je cherche à comprendre « Comment les conditions environnementales, et notamment l’exposition à des pollutions anthropiques comme la pollution lumineuse, affecte la santé (immunité, microbiote) des animaux en milieu naturel ? »

  • Mots-clés : éco-immunologie, microbiote, faune sauvage

Comment les animaux prennent des décisions et quelles en sont les conséquences sur leur succès reproducteur ? Voici 2 des questions qui guident mes recherches sur le comportement animal en focalisant sur deux grandes thématiques : la sélection sexuelle (e.g. comment et pourquoi choisir un partenaire sexuel) et l’approvisionnement (quoi, quand, où et comment manger ?).

  • Mots-clés : choix du partenaire sexuel, environnement social, pollution lumineuse nocturne, insectes

Ma recherche se situe à l’interface entre écologie évolutive, et, gestion et conservation de la biodiversité animale, en particulier les mammifères carnivores. M’appuyant sur des données empiriques de terrain, je cherche à définir des mesures de conservation et de gestion efficientes par une analyse quantitative des processus écologiques, de l’individu à la population, et par des approches mêlant génétique et génomique des populations, démographie, écologie spatiale et analyses interspécifiques.

  • Mots-clés : gestion et conservation basée sur des évidences, mammifères, carnivores, terrain et laboratoire, écologie quantitative

Une des questions qui nous animent est : comment et pourquoi les animaux communiquent ? A l’échelle des communautés nous nous intéressons à la communication interspécifique et la compétition sensorielle. Nous développons des travaux sur le lien entre communication et prédation ou encore sur le lien entre communication et pollution sonore, radioactive et lumineuse.

  • Mots clés : communication, cognition, comportement, interactions interspécifiques, oiseaux, amphibiens

La compréhension des dynamiques qui gouvernent l’évolution des gènes — la phylogénie moléculaire — est possible par la comparaison des génomes entre différentes espèces. Par exemple, pour comprendre l’évolution de la résistance immunitaire aux coronavirus, on comparera les gènes impliqués dans cette résistance entre primates, ou entre chauve-souris. Cette comparaison est possible par la mise en œuvre de modèles d’évolution moléculaire et de méthodes informatiques d’analyse de données, dans le but d’extraire de ces données les informations qui seront utiles aux biologistes.

  • Mots-clés : bioinformatique, phylogénie, modélisation, évolution moléculaire.

Une des questions qui motive mes recherches est : « Comment les organismes contrôlent leurs parasites génomiques :  interaction à entre hôte, virus, parasites génomiques. »  J’utilise des approches relevant de la biologie moléculaire, infections expérimentales, bioinformatique, séquençage haut débit.

  • Mots-clés : Génomique évolutive, évolution des interactions ; Eléments transposables, infections virales, interférence ARN, drosophile

Les microbes sont souvent en « colocation » au sein de leur hôte, ce qui pose de nombreuses questions. Par exemple : pourquoi sont-ils plutôt pathogènes ou bénéfiques ? comment dialoguent-ils (moléculairement) avec leur hôte, ou comment se maintiennent-ils ? Pour répondre à ces questions, j’utilise différentes approches, telles que les mesures de trait de vie, la biologie moléculaire, la transcriptomique ou la métabolomique comparative.

  • Mots-clés : Evolution, symbiose, insectes (punaises de lit, drosophiles….)

  • Chercheuse 

  • anamaria.necsulea[at]univ-lyon1.fr

  • https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr

Mes recherches portent sur l’évolution et la fonctionnalité des génomes. Grâce aux nouvelles technologies de séquençage, de nombreuses données de génomique fonctionnelle sont aujourd’hui disponibles, pour de nombreuses espèces et conditions biologiques. L’analyse comparative de ces données à travers la phylogénie des espèces permet d’identifier les éléments conservés au cours du temps évolutif, permettant ainsi de révéler les caractéristiques génomiques qui ont été préservées par la sélection naturelle, et qui sont donc importantes pour les organismes. Je mets en œuvre ces analyses à travers des méthodes bio informatiques et bio statistiques, qui exploitent de grandes quantités de données fonctionnelles. 

  • Mots-clés :  génomique évolutive, génomique fonctionnelle, phylogénie, évolution

Pourquoi la plupart des enzymes ont-elles une efficacité inférieure à ce qui serait physiquement possible ? Pourquoi certains organismes excrètent-ils des métabolites dans leur environnement, que d’autres utilisent comme source d’énergie ? Mon travail consiste à proposer des réponses plausibles à ces questions (et d’autres !), en construisant des modèles (mathématiques, informatiques) théoriques reposant sur des mécanismes bien décrits.

  • Mots-clés :  théorie / modélisation en évolution

Mes travaux portent sur l’analyse des interactions chez les insectes, en utilisant une approche de génétique évolutive. Nous travaillons principalement sur deux modèles biologiques : les insectes parasitoïdes et les punaises de lit. Sur le premier modèle nous nous intéressons aux interactions avec des virus, qui tantôt affectent le comportement des parasitoides, tantôt contribuent à enrichir le pool génique des parasitoïdes à travers des transferts horizontaux, générant parfois des innovations génétiques majeures. Sur le deuxième modèle, nous nous intéressons à l’adaptation aux humains et aux insecticides utilisés par ces derniers pour lutter contre elles.

  • Mots-clés : génétique, génomique, évolution, symbiose, virus, insectes

Qui suis-nous ? Qui sommes-je ? Ces deux étranges questions définissent parfaitement mes intérêts de recherche. J’étudie les interactions symbiotiques, en utilisant comme modèle les interactions entre arthropodes et bactéries transmises principalement verticalement (de la mère à la descendance), afin de comprendre quels sont les facteurs qui orientent ces interactions des plus intimes vers le conflit ou la coopération. L’objectif est de comprendre la dynamique de cet individu chimère et les conséquences sur le phénotype étendu de l’individu et l’évolution de chacun des partenaires.

  • Mots-clés : symbiose, insectes, évolution

Mes recherches se focalisent sur l’implication des mécanismes physiologiques (en particulier la consommation d’oxygène, la production d’ATP et la production de radicaux libres (Reactive Oxygen Species : ROS) sur l’organisation des traits d’histoire de vie. L’implication de ces performances physiologiques et de leurs conséquences sont étudiées à travers des variations internes (sénescence) ou externes (changements de température principalement). Les modèles biologiques étudiés sont majoritairement des vertébrés ectothermes (Amphibiens, Lépidosauriens, « Poissons »).

  • Mots-clés : écophysiologie, thermorégulation, stress oxydant, stochasticité thermique

Actuellement en 2e année de thèse, je travaille sur la caractérisation des réponses physiologiques et métaboliques des poissons d’eau douce face à l’augmentation des températures. J’étudie les poissons du Rhône (spirlin, chevaine, apron) et j’essaie d’adopter une approche intégrative ; au niveau de l’organisme entier je mesure la consommation d’oxygène, qui est un proxy du métabolisme aérobie et je fais des tests de tolérance / préférence thermique et au niveau cellulaire j’étudie les mitochondries, qui sont des organites qui consomment de l’oxygène et des nutriments pour produire de l’énergie cellulaire : l’ATP.

  • Mots-clés : écophysiologie, réchauffement climatique, poissons, métabolisme, échelle intégrative