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Programmes de Mentorat
Biodiversity - Bioresources

Vous vous posez des questions sur la science et en particulier en biologie?

  • Quels sont les métiers de la recherche dans les laboratoires et en dehors?

  • Quelles sont les formations pour accéder à ces métiers?

  • Comment travaille –t on dans les laboratoires?

  • Comment conduit-on des expériences scientifiques?

  • Comment communique t-on les résultats scientifiques

Vous souhaitez :

  • Bénéficier d’un accompagnement pour répondre à ces questions (et d’autres)

  • Discuter de votre orientation et projet professionnels

  • Découvrir les métiers et le fonctionnement des laboratoires de l’intérieur

Mentors

  • Guident les étudiants et étudiantes dans leurs orientations scientifiques, sur les compétences à acquérir selon le projet carrière,

  • Guident les étudiants dans leurs projets de master

  • Fournissent des informations sur le fonctionnement du laboratoire, des institutions, sur les développements de la carrière dans le domaine scientifique,

  • Invitent les étudiants à suivre des expérimentations en cours, à participer aux réunions d’équipes et à rencontrer les personnels des laboratoires (particulièrement les doctorants du laboratoire),

  • Rendent leurs activités plus visibles

Etudiantes et étudiants

  • Prennent régulièrement rendez-vous avec leur mentor,

  • Préparent ces réunions en ayant défini des questions d’intérêt sur les orientations scientifiques souhaitées, sur le développement des carrières scientifiques, sur les débouchés ; sur le fonctionnement des institutions,…

  • Participent aux réunions d’équipes quand ils sont invités.

Les différentes étapes :

  1. Identifier un ou une mentor selon la thématique qui vous intéresse (https://graduate-plus.fr/biodiversite-bioressources/)

  2. Envoyer un mail à emmanuel.desouhant[at]univ-lyon1.fr pour s’inscrire au plus tard le 12 décembre 2024

  3. Constitution des groupes (2 ou 3 étudiants/mentor) fin décembre 2024

Le mentorat : Quand?  Comment? Qui?

  • Second semestre (janv-juin 2025)

  • 4 à 5 rendez-vous/discussion + possibilité de participer à réunions d’équipes,  de suivre des expériences

  • Mentors : chercheurs, enseignant-charcheur ; post-doctorant ; doctorants, ingénieurs, techniciens

Evaluation : pas d’évaluation ! Juste un retour d’expérience pour que chacun tire le maximum de bénéfice de cette initiative.

Les Mentors

Actuellement en post-doctorat, je cherche à comprendre « Comment les conditions environnementales, et notamment l’exposition à des pollutions anthropiques comme la pollution lumineuse, affecte la santé (immunité, microbiote) des animaux en milieu naturel ? »

  • Mots-clés : éco-immunologie, microbiote, faune sauvage

Comment les animaux prennent des décisions et quelles en sont les conséquences sur leur succès reproducteur ? Voici 2 des questions qui guident mes recherches sur le comportement animal en focalisant sur deux grandes thématiques : la sélection sexuelle (e.g. comment et pourquoi choisir un partenaire sexuel) et l’approvisionnement (quoi, quand, où et comment manger ?).

  • Mots-clés : choix du partenaire sexuel, environnement social, pollution lumineuse nocturne, insectes

Dans un contexte de changement climatique, renforcer la résilience des villes françaises face aux épisodes climatiques extrêmes est devenu un enjeu essentiel. Au cœur de cette transition urbaine, la végétalisation représente une solution prometteuse. Mes travaux s’intéressent à l’impact des nouveaux aménagements verts urbains sur la prolifération du moustique tigre, Aedes albopictus, vecteur de maladies virales émergentes en zone tempérée.

  • Mots clés : Solutions fondées sur la nature, Moustique tigre, Environnements anthropisés, Santé publique

Ma recherche se situe à l’interface entre écologie évolutive, et, gestion et conservation de la biodiversité animale, en particulier les mammifères carnivores. M’appuyant sur des données empiriques de terrain, je cherche à définir des mesures de conservation et de gestion efficientes par une analyse quantitative des processus écologiques, de l’individu à la population, et par des approches mêlant génétique et génomique des populations, démographie, écologie spatiale et analyses interspécifiques.

  • Mots-clés : gestion et conservation basée sur des évidences, mammifères, carnivores, terrain et laboratoire, écologie quantitative

La compréhension des dynamiques qui gouvernent l’évolution des gènes — la phylogénie moléculaire — est possible par la comparaison des génomes entre différentes espèces. Par exemple, pour comprendre l’évolution de la résistance immunitaire aux coronavirus, on comparera les gènes impliqués dans cette résistance entre primates, ou entre chauve-souris. Cette comparaison est possible par la mise en œuvre de modèles d’évolution moléculaire et de méthodes informatiques d’analyse de données, dans le but d’extraire de ces données les informations qui seront utiles aux biologistes.

  • Mots-clés : bioinformatique, phylogénie, modélisation, évolution moléculaire.

Mes recherches concernent : « Le génome et ses parasites moléculaires : entre conflit et coopération au milieu de l’hôte et de ses pathogènes ». Je réalise des infections expérimentales chez la drosophile et j’utilise des approches de biologie moléculaire, séquençage haut débit et bio-informatique.

  • Mots-clés : Génomique évolutive, évolution des interactions ; Eléments transposables, infections virales, interférence ARN, drosophile

Les microbes sont souvent en « colocation » au sein de leur hôte, ce qui pose de nombreuses questions. Par exemple : pourquoi sont-ils plutôt pathogènes ou bénéfiques ? comment dialoguent-ils (moléculairement) avec leur hôte, ou comment se maintiennent-ils ? Pour répondre à ces questions, j’utilise différentes approches, telles que les mesures de trait de vie, la biologie moléculaire, la transcriptomique ou la métabolomique comparative.

  • Mots-clés : Evolution, symbiose, insectes (punaises de lit, drosophiles….)

Actuellement en post-doctorat, mes recherches se portent sur la démographie des populations naturelles, et plus particulièrement sur « comment les changements globaux (climatiques et/ou anthropiques) influencent la survie et la reproduction chez le sanglier ? ».

  • Mots-clés : capture-recapture, changements globaux, démographie, gestion et conservation, mammifères

Mes recherches s’intéressent à la manière dont les facteurs anthropiques (par exemple, l’urbanisation, l’agriculture, le changement climatique, les invasions biologiques) façonnent la biodiversité. Mon cœur de recherche porte sur les impacts de l’anthropisation sur les interactions entre les espèces, plus précisément les flux génétiques et la compétition interspécifique. Je travaille sur différents modèles biologiques (insectes, reptiles, oiseaux, mammifères), avec un intérêt particulier pour les fourmis et leur système de reproduction particulier.

  • Mots-clés : anthropisation ; compétition ; comportement ; écologie moléculaire ; flux de gènes ; hybridation ; invasions biologiques ; stratégies de reproduction

Je suis ingénieur d’études sur la plateforme CESN (Centre d’Étude des Substances Naturelles) du LEM, spécialisée dans l’analyse des métabolites impliqués dans les interactions biotiques et abiotiques. J’utilise des approches de métabolomique ciblée et non ciblée (UHPLC-QTOF, GC-MS, réseaux moléculaires) pour étudier la symbiose entre les actinobactéries fixatrices d’azote du genre Frankia et leur hôte végétal Alnus. Mes travaux visent à décrypter comment ces métabolites médiateurs orchestrent communication, mise en place de la symbiose et réponses aux stress.

  • Mots-clés : écologie chimique, interactions symbiotiques, métabolomique

Ma recherche explore comment les micro-organismes influencent la biologie, l’écologie et l’évolution des insectes. Mon principal modèle est le moustique tigre Aedes albopictus, une espèce invasive capable de transmettre plus de 20 virus aux humains et aux animaux. J’étudie comment les symbiontes et le microbiote se transmettent et modulent des traits clés comme la reproduction, la résistance aux insecticides et la capacité à transmettre des virus (capacité vectorielle). En combinant génomique, écologie expérimentale et analyses physiologiques, j’explore comment ces interactions invisibles façonnent la santé des insectes et les risques pour l’homme.

  • Mots-clés : Ecologie Microbienne, Santé Globale, Interactions symbiotiques.

Actuellement en post-doctorat après une thèse en sciences agronomiques, je mène mes recherches sur les interactions entre racines et bactéries bénéfiques. Je travaille sur la capacité d’une souche de Pseudomonas à coloniser les racines et à moduler différentiellement le métabolome de nombreuses variétés de colza (Brassica napus), en fonction de leur sensibilité à l’orobanche rameuse (Phelipanche ramosa), une plante parasite qui s’attaque aux racines.

  • Mots-clés : biologie végétale, microbiologie, agronomie, métabolomique, PGPR, parasitisme

Je développe des outils statistiques et logiciels afin de faciliter l’analyse de données biologiques. Je m’intéresse plus particulièrement au domaine de l’écologie des communautés (comment et pourquoi la biodiversité varie dans l’espace et le temps) et l’analyse des réseaux écologiques (quelles espèces interagissent et quels sont les processus à l’origine de ces interactions).

  • Mots-clés : écologie statistique ; logiciels ; écologie des communautés ; statistiques spatiales et multivariées

Je m’intéresse à la manière dont les microbes du sol aident naturellement les plantes à rester en bonne santé. J’étudie comment ces microbiomes protègent les cultures contre des champignons pathogènes en utilisant la génomique et l’écologie microbienne. Ces recherches permettent d’imaginer de nouvelles méthodes de protection des plantes, plus durables et avec moins de pesticides.

  • Mots-clés : microbiome, génomique, multi-omique, santé des plantes, interactions plante–microorganismes, agroécologie

Nos recherches visent à comprendre comment les bactéries communiquent et interagissent avec les autres organismes au sein des écosystèmes, aussi bien les phytobactéries s’établissant au sein de la rhizosphère que les bactéries phytopathogènes. Nous nous intéressons en particulier à leurs vésicules extracellulaires, de véritables petites navettes lipidiques d’en moyenne 100 nm pouvant transporter à distance des protéines, métabolites et acides nucléiques (comme l’ADN). Ces recherches combinent des approches de microscopie, multi-omiques et de génétique pour décrypter le rôle de ces vésicules dans les interactions plante-bactéries.

  • Mots-clés : Vésicules extracellulaires, phytobactéries, interaction plante-bactéries, communication.

Mes recherches portent sur l’évolution et la fonctionnalité des génomes. Grâce aux nouvelles technologies de séquençage, de nombreuses données de génomique fonctionnelle sont aujourd’hui disponibles, pour de nombreuses espèces et conditions biologiques. L’analyse comparative de ces données à travers la phylogénie des espèces permet d’identifier les éléments conservés au cours du temps évolutif, permettant ainsi de révéler les caractéristiques génomiques qui ont été préservées par la sélection naturelle, et qui sont donc importantes pour les organismes. Je mets en œuvre ces analyses à travers des méthodes bio informatiques et bio statistiques, qui exploitent de grandes quantités de données fonctionnelles. 

  • Mots-clés :  génomique évolutive, génomique fonctionnelle, phylogénie, évolution

Pourquoi la plupart des enzymes ont-elles une efficacité inférieure à ce qui serait physiquement possible ? Pourquoi certains organismes excrètent-ils des métabolites dans leur environnement, que d’autres utilisent comme source d’énergie ? Mon travail consiste à proposer des réponses plausibles à ces questions (et d’autres !), en construisant des modèles (mathématiques, informatiques) théoriques reposant sur des mécanismes bien décrits.

  • Mots-clés :  théorie / modélisation en évolution

Mes travaux portent sur l’analyse des interactions chez les insectes, en utilisant une approche de génétique évolutive. Nous travaillons principalement sur deux modèles biologiques : les insectes parasitoïdes et les punaises de lit. Sur le premier modèle nous nous intéressons aux interactions avec des virus, qui tantôt affectent le comportement des parasitoides, tantôt contribuent à enrichir le pool génique des parasitoïdes à travers des transferts horizontaux, générant parfois des innovations génétiques majeures. Sur le deuxième modèle, nous nous intéressons à l’adaptation aux humains et aux insecticides utilisés par ces derniers pour lutter contre elles.

  • Mots-clés : génétique, génomique, évolution, symbiose, virus, insectes

Qui suis-nous ? Qui sommes-je ? Ces deux étranges questions définissent parfaitement mes intérêts de recherche. J’étudie les interactions symbiotiques, en utilisant comme modèle les interactions entre arthropodes et bactéries transmises principalement verticalement (de la mère à la descendance), afin de comprendre quels sont les facteurs qui orientent ces interactions des plus intimes vers le conflit ou la coopération. L’objectif est de comprendre la dynamique de cet individu chimère et les conséquences sur le phénotype étendu de l’individu et l’évolution de chacun des partenaires.

  • Mots-clés : symbiose, insectes, évolution

Mes recherches se focalisent sur l’implication des mécanismes physiologiques (en particulier la consommation d’oxygène, la production d’ATP et la production de radicaux libres (Reactive Oxygen Species : ROS) sur l’organisation des traits d’histoire de vie. L’implication de ces performances physiologiques et de leurs conséquences sont étudiées à travers des variations internes (sénescence) ou externes (changements de température principalement). Les modèles biologiques étudiés sont majoritairement des vertébrés ectothermes (Amphibiens, Lépidosauriens, « Poissons »).

  • Mots-clés : écophysiologie, thermorégulation, stress oxydant, stochasticité thermique

Bien que la toxicité de nombreux contaminants ait été évaluée au laboratoire, les implications de l’exposition chronique à de faibles doses de multiples contaminants pour la faune sauvage restent encore largement méconnues. Mes travaux de recherche actuels s’inscrivent dans cette problématique, avec un intérêt particulier pour les conséquences physiologiques et démographiques des métaux traces toxiques chez le chevreuil.  

  • Mots-clés : écotoxicologie, écophysiologie, métaux traces, faune sauvage